虽然自建物流具有自身的优势，但由于物流体系涉及运输、仓储、包装等多个环节，建立物流系统的一次性投资较大，占用资金较多，对于资金有限的企业来说，物流系统建设投资是一个很大的负担。     
企业自建物流一般只服务于自身，依据企业自身物流量的大小而建立。而单个企业的物流量一般较小，企业物流系统的规模也较小，这就导致物流成本较高。一些企业通过自建物流系统，既服务于本企业，又为其它企业提供物流服务，实质上是一种业务上的多元化，其物流系统的性质已发生了变化，与自建物流的本来定义已经不同。